原满洲第七三一部队，统称石井部队，对外称关东军防疫给水部。始建于1933年。开始，本部设在哈尔滨市宣华街北头，并在背荫河密设“仲马城”细菌实验场。1936年迁驻于哈尔滨市南二十公里平房。
石井部队是日本陆军本部直属的拥有三千多人的一支物种部队。石井四郎军医中将担任部队长，北野政次军医少将地也曾担任过该部队的部队长。该部队下设第一部（细菌研究），第二部（实战研究），第三部（防疫供水研究），第四部（细菌生产），总务部，训练教育部，器材供应部和诊疗部。并且在孙吴，海拉尔，林口，海林设立四个支队，在安达等地设立野外实验场，在大连设置卫生研究所。
石井部队以研制生物战开器为宗旨，大量生产鼠疫，伤寒，霍乱等各类传染病，用活人作细菌试验，并把研制的细菌武器在诺门坎，常德，宁波等地进行试验性的使用，残杀无辜百姓。仅在室内试验残杀中国人，俄国人和蒙古人至少有三千多名。为保密起见，石井部队使用了部队番号，总称：满洲第六五九部队，本总称满洲第七三一部队（1945年3月改称2520部队）。各支队称林口第一六二部队，海拉氽第五四三部队，孙吴第六七三部队，牡丹江（海林）第六四三部队。
石井部队为毁灭其罪证，在日本投降前将其主要建筑物炸毁，并销毁大量机密资料。石井四郎等狼狈地逃回日本。
石井四郎生于１８９２年６月２５日，原籍是日本千叶县山武郡千代田村，其家是占有千代田村一带土地的大地主，石井四郎兄妹４人，他是次子，在家排行第四。他起家于日本京都帝大的医学系。帝大毕业后，以军官候补生的身分参加了陆定。以后又通过军队的途径，以代培学员的身分在京都帝大研究生院学习了一段时间，专门学习研究病理学和细菌学。以后作为陆军的一个干部、一个职业军人，在军界一直是青云直上，由中尉到上尉。１９２７年石井四郎提出了一篇有关防疫学的论文，获得了医学博士。１９３０年又被升为三等军医医正，担任了陆军军医学校的教官。
石井四郎的同伴证实他对德国的“铁血宰相”俾斯麦崇拜得五体投地，并为第一次世界大战期间欧洲列强使用的毒气战而深深吸引着。这些是不是石井四郎后来疯狂从事细菌研究、成为毫无人性的杀人狂的最初诱因呢？也未可知。但从其后来走过的历程和所从事的“事业”看，他以考察为名，实则是密探进行间谍活动。派他去欧洲的正是他以后作为“救命恩人”来供奉的日本陆军省第一课课长永田大佐。１９３１年秋，石井四郎由欧洲回国，恰在该年９月，日本侵略我国东北的“九一八”事变爆发了。石井四郎回日本后，曾向上级介绍了欧洲各强国、特别是纳粹德国已把细菌转用于武器的试验情况。并认为“日本也应该尽早开始基础研究”。那时，石井四郎已有了把细菌当做武器用于战争的恶魔想法。石井四郎归国后不久，便被派到陆军第一医院工作，担任了陆军军医学校的教官，并兼任陆军武器工厂总厂干部职务。这就为其要在日本搞出一套细菌战术的野心创造了条件。“九一八”事变后，石井四郎积极倡导创建细菌部队。他的倡导得到了日本陆军省军务局长（当时是课长）永田铁山的赞赏和日军参谋本部战略第一课课长铃木大佐和尾冢隆二等人的支持。战后审判－冢隆二时，他供认：“我具体承认我所犯的罪是我从１９３１年起就赞成石井四郎关于日本必须准备细菌战的思想，１９３４年至１９３７年我主管日本陆军省军医署卫生科时，又积极参与了在关东军建制内成立一个专门研究细菌武器及防疫事宜的部队，即七三一部队，以及拨调相当专家去配备这个部队，并促成任命一位细菌战思想家石井四郎任七三一部队。”于是在军部的积极支持下，石井四郎所倡导建立细菌部队的想法得到初步实现。１９３２年８月，经上级批准，在东京新宿区若松町的日本陆军军医学校内设立了以石井四郎为首的防疫研究室，正式开始了细菌的研究培养工作。最初，这个防疫研究规模较小，只有５个人，一间经过改建的地下室。可是，随着细菌研究、培养工作的发展，小小的一间地下室已难以应付，在石井四郎的请求下，上级准其新建一座专供防疫研究室使用的楼房。新建的防疫研究总面积共有１７９５平方米，即使如此，石井四郎的“用武之地”的胃口还在扩大。他亲笔写了一分报告，请陆军省军医总监西汉行藏中将转交陆军大臣荒木贞夫。他在此报告中说：“由于军部不断地指导和鼓舞，使得以石井中佐为首的陆军细菌研究班，对于细菌武器的研究，迅速地得到了一寂的成绩。现在，我们感到，对于细菌武器的研究，是必须加以实验的时候了，我们要求军部，把我们全体调到满洲，使我们用来维护皇军的细菌武器得以高度的发展。”日本的大本营接到报告后，很快批准了此报告，决定在“满洲”建立细菌研究机构，并由石井四郎等筹建此项工作，石井四郎积极新赴“满洲”，投身于细菌研究机构的建设工作。这就是我们前面提到细菌部队的组建过程。
战后，有些人不把七三一部队的人作为战犯看,那么，在被侵占国家的国土上，利用被侵略国家的人民做实验材料，为进行细菌战而实施残无人道的细菌活体实验和细菌武器的制造的人来说，应称他们什么呢？从下面一幕幕惨绝人寰的人体实验，我们就可以清楚石井四郎及其七三一部队的队员是一群怎样的野兽，怎样的魔鬼。
七三一部队研究的细菌种类主要有：鼠疫，伤寒，赤痢，霍乱，炭疽，梅毒，结核，冻伤等十种。七三一部队不仅违背国际公法大肆研制和使用细菌武器，更为残酷的是在研究过程中，大一歙健康人做生体试验。据不完全统计，七三一部队在生体试验中屠杀我抗日军民数以万计。此后，在细菌战过程中，残害的人数则达数十万人。
1945年，日本无条件投降，七三一部队为毁灭证据，销毁了各种秘密文件，炸毁了主要建筑设施，但是，由于仓惶逃窜，仍然留下了大量的罪证。1982年，黑龙江省政府将剩优质产品的19处遗址做为省级文物保护单位予以重点保护。其中主要遗址有：冻伤试验室，地下细菌试验室，地下动物饲养室，焚尸炉等，充分揭露了七三一部队的残暴罪行。在此基础上，又于1985年筹建“侵华日军第七三一部队罪证陈列馆”，并开辟130平方米的临时展厅对外开放。陈列馆开放以后，很快引起了国际国内的强烈反响。日本的惮团体还组织了《七三一部队展》在全国范围内进行巡回展出，共展出60多个城市，接待观众达50多万人次。
1990年，国家及省，市政府相继投资230万元建设新馆。此间还得到日本友人捐资1000多万日元，使新馆于1995年正式对外开放。新馆建筑面积为1800平方米，陈列面积800平方社，布展面积为400平方米。
陈列馆筹建以来，进行了大量的研究和调查工作，目前已积累档案117卷，3000多万字，还保存了大量的历史图片及图像资料。片集了大量的历史文物，其中国家级文物7件。
自1985年，七三一部队遗址对外开放以来，总计接待国内外观众（包括流动展）已达130多万人次，1987年6月，被中宣部定为全国一百个爱国主义教育示范基地。
1940年9月—12月，这里成为日军731部队用机场。从这里起飞的飞机对宁波、衢州、金华进行了细菌攻击。
1942年9月，义乌市江湾镇崇山村发生了流行病。这是1940年日军对衢州进行细菌攻击后的第三次感染。流行病发生时，驻南京的1644部队派军人来到村了，给村民注射，进行人体实验，并且放火烧毁了村子。在这次流行病期间，村民死亡近400人。
1942年日军在浙赣作战中实施细菌攻击。1942年，美国飞机以浙江省内机场
为基地出发对日本本土进行轰炸，日军对浙江、江西境内的机场进行攻击，在这次作战中731部队与1644部队秘密参加，进行了大规模的细菌战。
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